AQUACULTURE BIOINFORMATIC soal UAS mata kuliah Teknologi Informasi

Nama               :  Adhika Widya Putra

NIM                :  26010210110025

Prog. Studi      :  Budidaya Perairan

Assalamualaikum warrahmatullahi wabarakaatuh,

Dalam kesempatan kali ini saya memasukan posting pada webblog sebagai jawaban dari soal Ujian Akhir Semester bapak Ristiawan Agung, S. Pi tentang ringkasan artikel atau jurnal pada portal undip dengan tema AQUACULTURE BIOINFORMATIC. Berikut artikel yang akan saya ringkas

Sumber Daya Genomik untuk komersialisasi flathfish, Senegal sole
(Solea senegalensis): EST sequencing, oligo desain microarray, dan
pengembangan platform bioinformatic Soleamold

(jurnal dapat dilihat disini)

Ringkasan :

Senegal sole (Solea senegalensis) adalah flatfish yang berharga tinggi untuk kebutuhan komersialisasi di bidang perikanan Eropa bagian Selatan. Flatfish, anggota dari ordo Pleuronectiformes, adalah kelompok teleosts yang relatif besar dengan sekitar 570 spesies yang bias ditemukan. Ikan perairan benthik dan karnivora, kebanyakan adalah spesies laut dan hanya sekitar 4 spesies air tawar yang mengalami proses perkembangan yang unik dengan metamorphosis dimana mata berada di salah satu bagian tubuh dan bagian tubuh lainya rata tanpa adanya mata (flat). Flatfish telah lama dikenal sebagai pilihan dari berbagai makanan laut, dari berbagai macam kelompok (halibut, turbot, plaice) yang penting bagi perikanan komersial. Dengan keluarnya peraturan umum di seluruh dunia dalam perikanan liar, masalah penangkapan untuk menjaga kestabilitasisasi habitat liar dari flatfish, membudidayakan flatfish telah menjadi jawaban selama 15-20 tahun ini. Namun, industri produksi ikan ini di Senegal terhambat terutama oleh kurangnya informasi tentang fisiologis ikan tersebut mekanisme yang terlibat dalam reproduksi, pertumbuhan dan kekebalan, informasi genom yang sangat terbatas pada spesies ini menyebabkan industri di daerah ini kurang berkembang. Padahal dalam beberapa tahun terakhir, penelitian laboratorium genomik telah menemukan kontribusi mekanisme perkembangan vertebrata dan telah menjelaskan fenomena evolusi seperti genom duplikasi dan menciptakan gen duplikat. Hal ini telah dipraktekan pada ikan Zebra (Danio rerio), Medaka (Oryza latipes), dan Buntal (Tetraodon nigroviridis) dan dalam jurnal ini akan dipraktekan pada ikan Senegal sole (Solea senegalensis).
Proyek ini telah mengembangkan alat riset genomic dan proteomika (bio-informatika) untuk membantu mencapai tujuan ini. Dilaporkan pembentukan dari database EST untuk Senegal sole mengandung 5.087 urutan cDNA, dan konstruksi validasi dari oligo microarray berbasis deteksi dari 5.087 diduga transkrip dari spesies ini. Selain itu, sebuah plattfrom interaktif bio-informatika yang disebut SOLEAMOLD dikembangkan untuk mengakomodasi database EST dan hasil dari microarray dan hibridasi in situ. Sepuluh non-normalisasi, terarah-kloning cDNA dibangun dari berbagai jaringan dewasa dan tahap larva. Presentase klon dengan sisipan (efisiensi rekombinan) adalah tinggi sekitar 97-98 % dengan ukuran rata-rata masukan 0,9-1,7 kb. Untuk meminimalkan redundansi sebelum sekuensing, alikuot perpustakaan masing-masing, tergantung pada titer setelah satu putaran amplifikasi, yang dikumpulkan menjadi sebuah perpustakaan induk, yang dinormalkan melalui tiga putaran hibridisasi. Tentang 10.400 klon dari induk perpustakaan disekuensing dengan T7 primer untuk urutan sesuai dengan UTR 3 'dengan benar berorientasi sisipan. Karena konservasi rendah umum di UTRs 3 ', dan duplikasi genom peristiwa yang telah terjadi di teleosts, kami berfokus pada 3 'sekuensing untuk oligos desain khusus untuk microarray untuk membedakan antara paralogues potensial yang timbul dari duplikasi gen. Setelah pemangkasan dan vektor dan kontaminan penghapusan, 10.185 berkualitas tinggi urutan yang diperoleh dengan panjang membaca rata-rata sekitar 600-700 pb, dengan mayoritas yang membaca> 700 bp . Urutan ini telah diserahkan ke GenBank (aksesi nomor: FF281814-FF291996).
Telah dikembangkan microarray oligonukleotida untuk studi pada ekspresi gen S. senegalensis diberikan reproduktifitas lebih besar dari data yang dikumpulkan dengan oligonukleotida sebagai pengurai cDNA melihat Tethys, yang mendesain tools (perangkat lunak bio-Informatika) berpemilik oligonukleotida digunakan untuk meracang suatu microarray berdasarkan EST yang diurutkan. Seperti prosedur pembelahan mRNA seperti protocol Eberwein adalah bias terhadap 3 polia ekor transkrip, oligo disesain sam sama bias menuju ujung 3 sequences. Khusus untuk 50-60 probe oligonukleotida berhasil dirancang untuk 5.082 dari 5.087 unigen dirakit dari EST. dirancang pula probe untuk control mRNA ked ala campuran masing0masing sebelum di hibridisasi, untuk kontrol kualitas dan pemantauan dan data pengolahan. Desain akhir dari setiap slide, Solea senegalensis telah berhasil dikloning yang terdiri dari 2 array dengan probe gen spesifik untuk semua 5.087 uni gen serta oligos control negative dan positif.